Năm 2000, nhà bán lẻ đồ chơi Mỹ Toys "R" Us đã ký hợp đồng có thời hạn 10 năm với Amazon, trị giá 50 triệu USD mỗi năm cộng với việc cắt giảm doanh thu, theo đó, Toys "R" Us sẽ là nhà cung cấp độc quyền đồ chơi và sản phẩm liên quan đến trẻ em trên dịch vụ và trang web của Amazon ở danh mục Toys & Games. Vào năm 2004, Toys "R" Us đã kiện Amazon vì cho rằng do thiếu sự minh bạch trong cổ phiếu của Toys "R" Us, Amazon đã cố ý cho phép người bán bên thứ ba cung cấp các mặt hàng trên dịch vụ trong các danh mục mà Toys "R" Us đã được cấp độc quyền. Năm 2006, tòa án phán quyết ủng hộ Toys "R" Us, cho phép họ có quyền hủy bỏ thỏa thuận với Amazon và thành lập trang web thương mại điện tử của riêng mình. Công ty sau đó đã được nhận 51 triệu đô la tiền bồi thường.

Vào năm 2001, Amazon đã ký một thỏa thuận tương tự với Borders Group, theo đó Amazon sẽ  hợp tác với Borders.com như một dịch vụ đồng thương hiệu. Borders sau đó đã rút khỏi hợp đồng vào năm 2007, với kế hoạch cũng sẽ ra mắt cửa hàng trực tuyến của riêng mình.

Vào ngày 18 tháng 10 năm 2011, Amazon.com công bố hợp tác với DC Comics về độc quyền toàn bộ các truyện tranh nổi tiếng của DC Comics, bao gồm Superman, Batman, Green Lantern, The Sandman và Watchmen. Sự hợp tác này đã khiến các nhà sách nổi tiếng như Barnes & Noble loại bỏ những đầu sách này khỏi kệ của họ.

Vào tháng 11 năm 2013, Amazon đã công bố hợp tác với United States Postal Service về dịch vụ giao hàng vào ngày chủ nhật. Dịch vụ bao gồm trong giá vận chuyển tiêu chuẩn của Amazon, được khởi xướng tại các khu vực đô thị của Los Angeles và New York vì khối lượng lớn và không có khả năng cung cấp kịp thời, với kế hoạch mở rộng sang Dallas, Houston, New Orleans và Phoenix vào năm 2014.

Vào tháng 6 năm 2017, Nike đã xác nhận hợp tác thí điểm với Amazon để bán những sản phẩm của Nike trực tiếp trên nền tảng này.

Kể từ ngày 11 tháng 10 năm 2017, AmazonFresh đã bán một loạt các sản phẩm mang nhãn hiệu Booths để giao hàng tận nhà tại các khu vực được chọn.

Vào tháng 9 năm 2017, Amazon đã mạo hiểm ký hợp đồng với nhà bán lẻ JV Appario Retail thuộc sở hữu của Patni Group, công ty đã ghi nhận tổng thu nhập 104,44 triệu đô la Mỹ trong năm tài chính 2017-18.

Vào tháng 11 năm 2018, Amazon đạt được thỏa thuận với Apple Inc. để bán các sản phẩm được chọn thông qua dịch vụ,  công ty và Đại lý ủy quyền của Apple. Do kết quả của sự hợp tác này, chỉ các Đại lý ủy quyền của Apple mới có thể bán các sản phẩm của Apple trên Amazon có hiệu lực từ ngày 4 tháng 1 năm 2019.